Program Pascasarjana Program Studi Magister Ilmu Administrasi Negara Fisip Universitas Mulawarman dirintis sejak tahun 1999, diawali dengan kerjasama antara Universitas Mulawarman dengan Universitas Brawijaya untuk menyelenggarakan program kegiatan pembelajaran bersama. Program ini bertujuan untuk membantu Universitas Mulawarman dalam merencanakan dan melaksanakan pendidikan Program Studi Magister Ilmu Administrasi Negara secara mandiri.