Program Magister Administrasi Publik Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik Universitas Mulawarman dipimpin oleh Ketua Program Studi dan Sekretaris Program Studi yang membidangi Bagian Akademik dan Bagian Administrasi Umum dan Keuangan, yang bertanggung jawab langsung kepada Dekan, dengan struktur sebagai berikut :
Struktur Organisasi Program Magister Administrasi Publik
Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik
